De nouveaux antiviraux grâce à l’informatique ?

Dans une étude publiée dans la revue Science1, des chercheurs ont utilisé un programme informatique pour mettre au point deux protéines capables de se lier à une protéine clé du virus de la grippe. Cette prouesse pourrait ouvrir la voie à de nombreuses applications biomédicales et en particulier à l’élaboration de nouvelles thérapies antivirales.

Trouver une protéine qui corresponde parfaitement à une autre est un défi incroyable. Les atomes doivent concorder sans se recouvrir ou espace vide et avec une complémentarité chimique précise. Les auteurs de l’étude sont venus à bout d’un puzzle d’une énorme complexité selon un article Perspective2 associé à l’article.

Les chercheurs ont utilisé un programme et de nombreuses heures de calcul parallèle par ordinateur pour concevoir à partir de zéro deux protéines qui se fixent sur l’hémagglutinine virale, une protéine qui permet au virus d’infecter ses cellules cibles. Les protéines se lient à la base de l’hémagglutinine, région relativement similaire d’un sous-type de virus à l’autre contrairement à la partie supérieure qui varie beaucoup. Les auteurs indiquent que plus de travaux seront nécessaires pour déterminer si ces deux protéines peuvent être utilisées dans des thérapies ou des techniques de diagnostic mais que les résultats montrent déjà la faisabilité de concevoir par ordinateur de nouvelles protéines antivirales3.

Notes et références

  1. Sarel J. Fleishman, Timothy A. Whitehead, Damian C. Ekiert, Cyrille Dreyfus, Jacob E. Corn, Eva-Maria Strauch, Ian A. Wilson, David Baker. Computational Design of Proteins Targeting the Conserved Stem Region of Influenza Hemagglutinin. Science []
  2. Bryan S. Der & Brian Kuhlman. From Computational Design to a Protein That Binds. Science []
  3. Source http://www.eurekalert.org. Illustration Wikipedia. []

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