La protéomique ou l’art d’isoler les molécules à l’origine de maladies

En général, celui qui possède la meilleure recette de chili possède également un ingrédient secret difficile à identifier. De même, plusieurs maladies comportent des protéines essentielles qui transforment des cellules bénignes en affection mortelle. De nouvelles découvertes issues d’une collaboration internationale entre l’Université McGill (Canada), l’Institut de recherche du Centre universitaire de santé McGill (CUSM) (Canada) et la HUman Proteome Organisation (HUPO) ont permis de faciliter l’identification de ces modifications. Publiées dans Nature Methods, ces découvertes illustrent la façon d’améliorer l’analyse des protéines afin d’isoler les molécules qui pourraient être à l’origine de maladies.

proteome

La protéomique est une discipline qui permet d’isoler certaines protéines des centaines d’autres que l’on peut trouver dans un échantillon de diagnostic,

déclare le Dr Tommy Nilsson, coauteur de cette étude, qui a récemment été recruté par le CUSM.

Il est important d’associer les bonnes protéines à la bonne affection. Ce processus est extrêmement complexe. Notre étude visait à standardiser les techniques d’analyse au niveau mondial et à en identifier les facteurs limitants.

La mise à l’essai

Il a été demandé à 27 laboratoires dans le monde d’analyser un échantillon standard de protéines en utilisant leurs techniques habituelles. Seuls sept d’entre eux ont réussi à isoler toutes les protéines de façon précise; mais seulement l’un d’entre eux a réussi la partie la plus difficile du test. Toutefois, un examen approfondi de leurs données brutes a démontré que ces derniers avaient, tout d’abord, détecté toutes les protéines mais que celles-ci avaient ensuite été rejetées lors d’analyses effectuées par la suite.

Notre analyse centralisée nous a permis de mettre en lumière les problèmes que l’on rencontre en menant ce type d’étude,

déclare le Dr John Bergeron, auteur principal à l’Université McGill et à l’HUPO.

Nous nous sommes rendus compte que l’une des principales causes d’erreurs dans les rapports provenaient des bases de données. Nous espérons améliorer la qualité des rapports en améliorant celle des bases de données et des moteurs de recherche .

L’importance de la protéomique

La protéomique vise à caractériser toutes les protéines encodées à partir de l’ADN humain, tout comme l’ont été les gènes dans le cadre du Projet Génome Humain. On espère que la protéomique permettra d’identifier plus rapidement les causes de nombreuses maladies humaines et que ses techniques déboucheront sur de meilleurs diagnostics et thérapies.

La nouvelle technologie décrite dans notre étude permettra probablement aux médecins de déterminer la cause des maladies,

ajoute le Dr Bergeron.


Référence :
Article : A HUPO test sample study reveals common problems in mass spectrometry–based proteomics [Abstract]
Auteurs : Alexander W Bell, Eric W Deutsch, Catherine E Au, Robert E Kearney, Ron Beavis, Salvatore Sechi, Tommy Nilsson, John J M Bergeron & HUPO Test Sample Working Group
Journal de publication : Nature Methods

Source : EurekAlert
Illustration : Interstices

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